ONF - Département R&D

Dear Computree users,

A new complete version of Computree is coming soon.
But for now, if you want to try the SimpleTree plugin alone, Jan Hackenberg has compiled a windows beta version of Computree, containing only SimpleTree (so note a lots of Computree functionalities are missing).
He is also providing the first videos on our new Youtube Computree tutorial channel: Computree_EN.

Below I let you read his announcement for all of that:

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Dear Computree users,

I went with a new plugin semi public three months ago. Since today, all Computree users can download a windows exectuable without having to contact me first. Thanks to the users who sent me valuable feedback:

http://rdinnovation.onf.fr/projects/computree-simpletree-beta-version/files

The plugin is capable of segmenting plot scans and produce complete geometrical models out of segmented tree clouds, you can get an impression from the two attached screenshots.

You will find in addition to the executable (Windows) a PDF describing how to use the plugin. There is also three tutorial videos available on youtube:

https://www.youtube.com/channel/UCAs1tLPP-X-DQ-oBf71FlfQ

If you find the plugin useful please give in your result/thesis/publication the following citation of my most recent publication, which might also be nice to read for you as a user:

Hackenberg, J.; Spiecker, H.; Calders, K.; Disney, M.; Raumonen, P. SimpleTree —An Efficient Open Source Tool to Build Tree Models from TLS Clouds. Forests 2015, 6, 4245-4294.

In case of problems, make sure you looked through the PDF and videos if you find the solution. Otherwise feel free to contact me: jan.hackenberg@inra.fr (my email changed recently). I am also interested in feedback. Both if you are fine with the plugin and also if there are problems. In case you find a way to crash my plugin, the feedback is really valuable.

Please do then so the following: upload you point cloud to dropbox or to another place, please do not sent me by mail. I most likely need the cloud to reproduce and fix the error. Sent me as well a step configuration script making this crash happen and link both with a minimal description in an email. I can remove the cloud after fixing from my computer if you ask me to do so.

Make sure to always visual validate the quality of my models. The nice models you see in the pictures are also derived from high quality clouds. Be careful if you work with DBH, you need to put the right parameter in the configuration file. If you do not put the right value, my program does not know the real world height of the z-coordinates. I discuss this in more detail in the PDF.

I hope you enjoy my plugin.
Jan

English (le Français suit)¶

Hello,

We have changed the way dependencies are managed in Computree. Indeed:

• We found that the system with .ini files and running a script for build of .pri files was not intuitive, and often led to misuse.
• The number of optional dependent libraries increases quickly.

Therefore in the last update, .ini files and .pri creation script are no longer used.

Instead when installing Computree, we directly put .pri files containing paths of librairies.
LibName_default_path.pri files are provided by default (and must not be modified), and correspond to the standard paths used by libraries installers.
Otherwise, it is possible to make a copy and rename it LibName_user_path.pri, to specify custom paths (this files is versioned and can be changed at will).

The installation process for Windows has been updated accordingly: Code source et compilation

The following dependencies are currently available:

• OSG : Used by ComputreeGui only (OpenGL component)
• PCL : to use it in your plugin, add “MUST_USE_PCL = 1” (the plugin does not compile if PCL is absent) or “CHECK_CAN_USE_PCL = 1” (the plugin does compile even if PCL is absent) in the .pro file of your plugin.
• OpenCV : to use it in your plugin, add “MUST_USE_OPENCV = 1” (the plugin does not compile if OpenCV is absent) or “CHECK_CAN_USE_OPENCV = 1” (the plugin does compile even if OpenCV is absent) in the .pro file of your plugin.
• GDAL : to use it in your plugin, add “MUST_USE_GDAL = 1” (the plugin does not compile if GDAL is absent) or “CHECK_CAN_USE_GDAL = 1” (the plugin does compile even if GDAL is absent) in the .pro file of your plugin.
• GSL : to use it in your plugin, add “MUST_USE_GSL = 1” (the plugin does not compile if GSL is absent) or “CHECK_CAN_USE_GSL = 1” (the plugin does compile even if GSL is absent) in the .pro file of your plugin.

Best regards.
Alexandre Piboule.

Français¶

Bonjour,

Nous avons modifié la façon dont les dépendances sont gérés dans Computree. En effet :

• Nous avons constaté que le système avec des fichiers .ini et l’exécution du script de génération des .pri était non intuitive, et aboutissait souvent à une mauvaise utilisation.
• Le nombre de librairies dépendantes optionnelles augmente rapidement.

Par conséquent dans la dernière mise à jour les fichiers .ini et le script de création des .pri ne sont plus utilisés.

En lieu et place lors de l’installation on met directement des fichiers .pri contenant les chemins d’accès utiles à la dépendance.
Des fichiers NomDeLaLib_default_path.pri sont fournis par défaut (et ne doivent en aucun cas être modifiés), et correspondent aux chemins standard utilisés par les installeurs des librairies.
Sinon, il est possible d’en faire une copie nommée NomDeLaLib_user_path.pri afin de spécifier des chemins personnalisés (ce fichier, non versionné peut être modifié à volonté sur chaque poste).

La procédure d’installation sous Windows a été mise à jour en conséquence : Code source et compilation

Les dépendances suivantes sont actuellement disponibles :

• OSG : Utilisée par ComputreeGui uniquement (composant OpenGL)
• PCL : pour l’utiliser dans votre plugin, ajoutez “MUST_USE_PCL = 1” (le plugin ne compile pas si PCL est absent) ou “CHECK_CAN_USE_PCL = 1” (le plugin compile quand même si PCL est absent) au début du fichier .pro de votre plugin.
• OpenCv : pour l’utiliser dans votre plugin, ajoutez “MUST_USE_OPENCV = 1” (le plugin ne compile pas si OpenCV est absent) ou “CHECK_CAN_USE_OPENCV = 1” (le plugin compile quand même si OpenCV est absent) au début du fichier .pro de votre plugin.
• GDAL : pour l’utiliser dans votre plugin, ajoutez “MUST_USE_GDAL = 1” (le plugin ne compile pas si GDAL est absent) ou “CHECK_CAN_USE_GDAL = 1” (le plugin compile quand même si GDAL est absent) au début du fichier .pro de votre plugin.
• GSL : pour l’utiliser dans votre plugin, ajoutez “MUST_USE_GSL = 1” (le plugin ne compile pas si GSL est absent) ou “CHECK_CAN_USE_GSL = 1” (le plugin compile quand même si GSL est absent) au début du fichier .pro de votre plugin.

Cordialement.
Alexandre Piboule.

Below, a message from Jan Hackenberg:

Dear Computree Users,

A new plugin is available for Computree. It aims to model the complete tree structure including every branch for a tree cloud. See the attached screenshot. As the output you get a so called QSM model containing up to multiple
thousand cylinders per tree. The plugin is based on http://www.mdpi.com/1999-4907/6/11/4245 which presents a stand alone software called SimpleTree (http://www.simpletree.uni-freiburg.de/). The SimpleTree method is now rewritten in Computree.

A lot of improvements have been performed. The method does not rely on user given parameters any more. All parameters are computed within the method itself. Before the next official Computree release you can already get access to the plugin in form of a Windows exectuable. It just contains basic Computree functionalities and the SimpleTree method, as this is only a partial release.

Please sent an email to jan.hackenberg@nancy.inra.fr to get access if desired.

You will be able to download from:
http://rdinnovation.onf.fr/projects/computree-simpletree-beta-version/files

Here is also a small Readme PDF which should be read first. It contains in majority (page 2 until end) screenshots and should be read fast.

Please provide me with your Computree/rdinnovation user name. Let me in addition know if you want to be put in a small newsletter, as I do not want to post too much on the Computree platform announcements.

I plan at least weekly releases of this plugin. De-noising procedures will follow. To improve the method you can do the following:

• Provide me with feedback. In case you receive negative results, e.g. bad tree models, write me a short email with a screenshot of the modelling failure. If I cannot fix by the screenshot I will ask you to give me access to the cloud to reproduce the error and debug it.
• If you have Tree scan data with GT (complete tree volume or biomass + density), it would be hugely beneficial to get access to this data. I will not publish this data without your allowance and use it for training purposes only (or ask for allowance).

Thanks for your kind attention
Jan

Hello,

You will find below a post doctoral position at the French National Institute for Agricultural Research (INRA) in Nancy, France and the Department of Geography from UQAM in Montreal, Canada. The Laboratory of Forest Inventory (LIF) of the National Institute for Geographic and Forest Information (IGN) and the Research Development and Innovation (RDI) department from the French National Forest Office (ONF) are also implied in the project.

The position is entitled:
Postdoctoral position in 3D modeling of forest canopies using digital photogrammetry and airborne laser scanning

Postdoctoral position in 3D modeling of forest canopies-modele.pdf

Best regards.
Alexandre Piboule.

Hello,

You will find below a post doctoral position in University of Sherbrooke, entitled :
METHODS DEVELOPMENT FOR TERRESTRIAL LIDAR APPLIED TO FOREST INVENTORY WITH A PARTICULAR EMPHASIS ON INTEGRATING A TREE ARCHITECTURAL MODEL

PostDocAd_TLiDAR_USherbrooke_v2.pdf

Best regards.
Alexandre Piboule.

English (le Français suit)¶

Hello,

There is a lot of activity on Computree forum since 3 weeks.
Some people have complain about the messages received in their mail box.
So if you wan’t to not receive forum messages anymore, you can do it at this address (after connecting) :
http://rdinnovation.onf.fr:8080/my/account
or if it doesn’t work, this one:
http://rdinnovation.onf.fr/my/account

Just change in email notifications: “For any event on all my projects” TO “Only for things I watch or I’m involved in”

Best regards.
Alexandre Piboule.

Français¶

Bonjour,

Il y a beaucoup d’activité sur le forum Computree depuis trois semaines.
Plusieurs personnes se sont pleintes du nombre important de messages dans leur boite mail.
Si vous ne voulez plus recevoir ces messages, vous pouvez le faire à cette adresse (après connexion) :
http://rdinnovation.onf.fr:8080/my/account
ou si cela ne fonctionne pas :
http://rdinnovation.onf.fr/my/account

Dans notifications par e-mail, changez “Pour tous les évênements de tous mes projets” EN “Seulement pour ce que je surveille”

Cordialement.
Alexandre Piboule.

Bonjour,

Vous trouverez ci-dessous un appel à candidatures pour une maîtrise en géomatique à l’Université Laval, proposée par Martin Béland :

“Suivi de la déforestation causée par la production d’huile de palme par télédétection”

Appel à candidatures pour une maîtrise en géomatique_francais_mf.docx

Cordialement.
Alexandre Piboule.

French (english follows):¶

Bonjour à tous,

Je fait cette annonce, afin de recenser les besoins de formation Computree pour 2016.

Merci à toute personne intéressée de m'envoyer un mail à l'adresse suivante : alexandre.piboule@onf.fr
Merci d’indiquer impérativement les informations suivantes :

• Quel type de formation : utilisateur / développeur ?
• Combien de personnes intéressée pour chaque type ?
• Période idéale de formation / période acceptable
• Lieu idéal de formation / lieux possibles (parmi Paris, Montpellier, Nancy en France ou Sherbrooke au Québec)
• Langue de formation : est-ce que l’anglais est possible ?

J’espère fixer le planning de formation mi-février.
Il devrait y a voir a minima une formation utilisateur en France métropolitaine.
Au niveau international, des formations utilisateurs sont envisageables au Québec.
Par contre il semble peu probable de pouvoir faire des formations dans d’autres pays en 2016.
Du coup, s’il y a une forte demande hors France et Québec, nous nous orienteront probablement vers une formation à distance (webinaire).

Cordialement.
Alexandre Piboule.

English:¶

Hello everyone,

I made this announcement, to identify formations needs for Computree in 2016.

Thank to anyone interested, to send me an email at the following address: alexandre.piboule@onf.fr
Thank you to give the mandatory following informations:

• What type of formation: User / Developer?
• How many interested people for each type?
• Ideal period / acceptable period
• Ideal place for the formation / possible places (Paris, Montpellier, Nancy in France or Sherbrooke in Quebec)

I would like to fix the formations schedule for mid-February.
There should be a minimum of one formation in France.
Internationally, User formations are possible in Quebec.
It seems unlikely for me to be able to propose a formation in other countries in 2016.
So, if there is a strong demand outside France and Quebec, we probably will consider webinar solutions.

Best regards.
Alexandre Piboule.

Bonjour,

En prévision de la future release, je viens de modifier l'organisation des plugins de base :

• Le plugin ONF a été créé et regroupe les étapes réalisées par l’ONF
• Le plugin ARTSFREE a été créé et regroupe les étapes réalisées par l’ENSAM (ARTS) (en dehors des étapes qui sont restées dans le plugin base bien sur)
• Du coup le plugin base a été très fortement allégé (étapes migrées dans plugin ONF), pour ne conserver que les readers, les exporters et les étapes très génériques de gestion. Les autres étapes et actions ont été transférées dans le plugin ONF.
• Du coup également, le plugin onfensamv2 a été supprimé, et son contenu transféré vers les plugins ONF et ARTSFREE

En terme de gestion de dépôts il faut donc :

• supprimer votre dépôt http://rdinnovation.onf.fr/svn/plugin-onfensam
• ajouter lee dépôt http://rdinnovation.onf.fr/svn/plugin-onf
• ajouter lee dépôt http://rdinnovation.onf.fr/svn/plugin-arts-free

Cordialement.
Alexandre Piboule.

Dear Computree users,

You will find attached a 18-month post-doctoral position (DIABOLO project), in INRA – IGN, Nancy, France, entitled:

Tree and stand volume assessment from terrestrial lidar data for national forest inventories

Postdoc-DIABOLO-Tlidar-2016.pdf